1、商业贿赂在药品销售终端的盛行，导致企业为了冲击销量无所不用其极。
2、渠道商的利润越来越低甚至没有利润，开始靠窜货、乱价来获取收益，最终受损的是品牌和渠道商的关系。
3、渠道商为了追求量而大量囤积货物，造成市场供大于求，库存商品积压，企业资金周转困难甚至出现经营亏损。同时，渠道商对于价格异常敏感的处方药物通过非正常途径流向下级经销商或终端，导致企业收入减少甚至发生收不回款的风险。
4、新《药品管理法》对假劣药的界定比原《药品管理法》更广，处罚力度更大，企业用药的安全性和有效性无法得到保证。
5、国家药品抽验频次更高，监管力度更强，企业合规经营的压力增大。 还有研发风险、政策变化等不可控因素带给企业的风险。如近年来国家药监局发布多项技术指导原则，对新药研发提出更高的要求；2016年国务院公布实施《关于改革药品医疗器械审评审批制度的意见》明确，加快创新药物上市步伐，均会给企业带来一定的研发风险。
韩流优质答主1、药厂的废水排放问题：医药企业在生产过程中要产生许多高浓度酸碱废水、高残留生物制药废水、高浓度有机污染物中度污染废水，具有水量大，有机物浓度高，酸碱性强，悬浮物和氨氮含量高的特点，有的还含有生物制药残留的菌体和病毒。药厂废水的治理已成为当前水污染治理的热点和难点问题之一。
2、医药企业的危险废物：医药生产企业在原辅材料加工制各成品的过程中，产生的危险废物既有工艺过程的废物，又有清洗设备容器管线及废渣的废水废物和过滤(吸附)介质。不同医药生产和加工产生的污染物性质也有很大不同，有些医药废物属于剧毒。如汞制剂、氰化物和剧毒农药等;有些是易燃易爆的危险品。医药废物的处置成为困扰企业的重要环境问题。
3、药厂的恶臭问题：中成药、生化药品生产过程中要使用各种动植物和生物发酵提取技术，而大量的提取和萃取过程中残留的动植物成分及发酵代谢产物很容易发霉腐烂而产生恶臭或异味，影响周围环境质量甚至污染大气，同时生物萃取中需要大量溶剂，常用的有醋酸乙脂、苯、氯仿等有恶臭或异味的有机溶剂。化工类医药生产中发酵工艺工序及排出的高浓度有机物废水，都容易产生恶臭。药厂的恶臭污染问题也较突出。
随着国家对环保问题的日益重视，新《环保法》、新《水污染防治法》的相继实施，制药企业面临的环保形势越来越严峻。环保已成为制药行业生存发展的重大问题，在环保重压下，制药行业将进入新一轮的洗牌期和增长期。
